Zicht op varianten

Covid-19-update
Nieuws
26-02-2021
Marc Bonten

Hoe houden we zicht op de verschillende varianten van SARS-CoV-2 in ons land? Tot een maand geleden volstond de vaststelling van aan- of afwezigheid van het virus, maar inmiddels willen we bij een positieve test ook weten of het om een variant gaat. Dat antwoord krijg je alleen met een aparte PCR-test of door een virus te sequencen. Dat kost tijd, en vergt aanpassingen aan de testprocedures.

3 spannendste varianten

De drie spannendste varianten zijn momenteel de Britse (B.1.1.7), de Zuid-Afrikaanse (B.1.351) en de Braziliaanse (P1&P2). Op basis van het volledige RNA zijn ze duidelijk verschillend, vandaar de andere afkortingen, maar ze delen wel een aantal belangrijke mutaties. Alle drie varianten hebben de N501Y-mutatie, waardoor het virus – naar men veronderstelt – beter aan een menselijke cel kan hechten. Daarnaast hebben ze alle drie de E484K-mutatie, en die zou ervoor zorgen dat antistoffen die door eerdere infectie of vaccinatie gevormd zijn, minder goed werken. E484K was aanvankelijk kenmerkend voor B.1.135, maar is inmiddels ook aangetoond in de andere twee varianten. Het heeft er alle schijn van dat die mutaties in elke variant apart ontstaan zijn. Dat is een sterke aanwijzing dat deze varianten een evolutionair voordeel hebben.

Verspreiding nieuwe varianten

Met de vaccins in aantocht is het belangrijk om verspreiding van deze varianten goed in kaart te brengen. Op basis van de veronderstelde hogere besmettelijkheid van B.1.1.7 is immers de avondklok ingesteld. Als een mutatie daadwerkelijk leidt tot lagere effectiviteit van bepaalde vaccins, kunnen aanpassingen in de vaccinatiestrategie nodig zijn.

Om de verspreiding van nieuwe varianten betrouwbaar te volgen, is een goed surveillancesysteem nodig. In Nederland hebben we daarvoor de kiemsurveillance: van een aantal laboratoria worden steekproefsgewijs virusisolaten verzameld en gesequencet.

Dat was een handvol, inmiddels uitgebreid naar 400 per week en wordt verder uitgebreid naar 1200-1500 per week. In die huidige uitbreiding schuilt een gevaar voor de huidige schatting van de opmars van varianten. De verspreiding van een nieuwe variant begint immers met sporadische introducties op verschillende plekken in het land, die dan – al dan niet ongezien – tot verdere verspreiding leiden. Zelfs met een R-waarde van 2 zullen de meeste introducties niet tot grootschalige verspreiding leiden; gemíddeld zal elke geïnfecteerde 2 nieuwe personen infecteren, maar de meesten zullen niemand infecteren en een paar infecteren veel meer dan 2 personen. Een paar superspreading events kunnen de variant vleugels geven. De beginfase is dus heel grillig, met op regionaal niveau opkomst van een variant die vaak ook weer verdwijnt. Met een beperkte surveillance is het dan erg moeilijk om betrouwbaar vast te stellen hoe snel de variant zich uitbreidt. Vandaar de uitbreiding van het surveillancesysteem, maar ook dat kan weer tot vertekening leiden. Meer isolaten uit een regio waar varianten op dat moment nog maar weinig circuleren, drukken het gemiddelde.

Testsysteem moet veranderen

Het virologische testsysteem moet dus veranderen: van een simpele PCR (ja/nee) naar een multiplex PCR waarin genen die karakteristiek zijn voor meerdere varianten kunnen worden aangetoond. Dat is geen rocketscience. Als je weet welke stukjes van het RNA gedetecteerd moeten worden, kan zo’n test binnen enkele weken operationeel zijn. Voor alle duidelijkheid: antigeentesten of ademtesten zullen dit nooit kunnen. Gezien de snelheid waarmee nieuwe varianten zich aandienen, zal zo’n multiplex voortdurend aangepast moeten worden. Daarnaast moeten veel meer isolaten gesequencet worden om nieuwe relevante varianten en mutaties snel te detecteren.