Zicht op varianten

Covid-19-update
Nieuws
26-02-2021
Marc Bonten

Reacties (1)

Inloggen om een reactie te plaatsen
P. de Man, J.G.M. Koeleman, N. Vaessen, S. Paltansing, D.S.Y. Ong (artsen-microbioloog, Franciscus Gasthuis en Vlietland)
25-03-2021 14:50

Pas PCR gebaseerde SARS-CoV-2 variant analyse breed toe

Net als Marc Bonten zijn wij beducht voor de gevolgen van de verspreiding van SARS-CoV-2 varianten. De Zuid-Afrikaanse variant vormt een risico vanwege een afgenomen effectiviteit van vaccins. De Braziliaanse variant lijkt her infecties te kunnen veroorzaken na reeds doorgemaakte COVID-19. Mogelijk zullen in de nabije toekomst nog andere relevante varianten ontdekt worden. 
Bonten stelt de vraag hoe we zicht houden op varianten. Sinds halverwege januari is in ons medisch microbiologisch laboratorium gestart met het routinematig screenen van SARS-CoV-2 positieve monsters middels een multiplex varianten PCR met smeltcurve-analyse. De gebruikte methode is inmiddels gevalideerd voor de Britse en Zuid-Afrikaanse variant in een vergelijkend onderzoek met whole genome sequencing (WGS) resultaten uit het EMC. Met deze techniek kan binnen één dag de Britse, Zuid-Afrikaanse en twee Braziliaanse varianten van elkaar worden onderscheiden. Vanwege de dynamiek in SARS-CoV-2 mutaties en de virus eigenschappen die gerelateerd zijn aan deze varianten, is naast de naamgeving het ook belangrijk om inzicht te hebben in het vóórkomen van specifieke mutaties. De E484K mutatie is geassocieerd met het ontwijken van het immuunsysteem en de N501Y mutatie is geassocieerd is met een hogere besmettelijkheid.
Door toepassing van deze varianten PCR hebben wij zicht gekregen op het voorkomen van de SARS-CoV-2 varianten in het adherentiegebied van het ziekenhuis. Hierdoor kwamen wij een cluster van SARS-CoV-2 besmettingen met de Zuid-Afrikaanse variant op het spoor bij gevaccineerde personen in een verpleeghuis. Acht oudere patiënten die een maand voor de infectie een eerste vaccin gekregen hadden, werden niet erg ziek door de infectie. Twee volledig gevaccineerde medewerkers hadden geen symptomen, maar in hun nasopharynx monsters was veel virus aanwezig en waren daardoor dus potentieel besmettelijk voor de omgeving. Daarentegen vertoonden twee niet gevaccineerde medewerkers wel ziekteverschijnselen. Tevens kon bij een andere uitbraak op een boot in korte tijd worden aangetoond dat de Zuid-Afrikaanse variant hiervoor verantwoordelijk was. Tot 23 maart zijn er 5 Braziliaanse, 27 Zuid-Afrikaanse en 276 Britse variant besmettingen gediagnosticeerd, waarvan het percentage oorspronkelijke variant in de laatste week terugliep naar 4%.  
In tegenstelling tot de tragere WGS techniek met beperkte capaciteit is het dus mogelijk om met gangbare PCR apparatuur en smeltcurve analyse snel en volledig zicht te hebben op de varianten. In lijn met het betoog van Bonten stellen wij voor om deze varianten PCR op alle SARS-CoV-2 positieve monsters toe te passen. Hierdoor wordt het mogelijk om in een vroeg stadium geïntensiveerd bron- en contactonderzoek uit te voeren teneinde verspreiding van specifieke varianten te beperken. Aangezien de huidige nationale surveillance van varianten met WGS op slechts een klein deel van de PCR positieve monsters wordt uitgevoerd, ontstaat hierdoor een aanzienlijke vertraging en bemoeilijkt dit een snelle en gerichte interventie. Echter het periodiek analyseren van monsters middels de WGS-techniek blijft belangrijk om nieuwere varianten te ontdekken en de PCR-screeningsmethoden voortdurend up-to-date te houden. Wij pleiten daarom voor het breed toepassen van PCR gebaseerde SARS-CoV-2 variant analyse als een complementaire methode om “onopgemerkte” verspreiding van gevaarlijke varianten zo vroeg mogelijk te detecteren. 

P. de Man, J.G.M. Koeleman, N. Vaessen, S. Paltansing, D.S.Y. Ong (artsen-microbioloog, Franciscus Gasthuis en Vlietland)