16S-rRNA-sequentieanalyse

Toepassingen en valkuilen
Commentaar
16-10-2019
Jarne M. van Hattem en Bob de Wever

In het artikel "Meningitis door een infectie met Borrelia hispanica" beschrijven Jennie Heida en collega’s de ziektegeschiedenis van een patiënt met ‘tick-borne relapsing fever’ door een infectie met Borrelia hispanica . De verwekker werd aangetoond met een sequentieanalyse van het 16S-ribosomaal RNA (rRNA), kortweg een ‘16S-PCR’, van de liquor. In dit commentaar gaan wij nader in op de waarde van dit onderzoek voor de detectie van pathogenen in patiëntmaterialen. Wanneer zet je dit onderzoek in? Op welke monsters? En hoe gevoelig is de methode?

De methode

Het 16S-rDNA -gen codeert voor het kleine ribosoomdeel van het bacteriële rRNA, wat het boodschapper-RNA (mRNA) afleest. De DNA-sequentie in specifieke regio’s van het 16S-rDNA -gen is in bacteriën goed geconserveerd, waardoor in deze gebieden niet snel mutaties optreden en er gebruikgemaakt kan worden van universele bacteriële ‘primers’, de korte stukjes DNA die gebruikt wordt als startpunt van de PCR. Na de amplificatiestap van de PCR, waarin het bacteriële DNA in vitro vermeerdert, wordt de volgorde van de nucleotiden van het 16S-rDNA -gen van de bacterie bepaald: de DNA-sequentie. Vervolgens wordt de bacterie gedetermineerd door deze DNA-sequentie te vergelijken met de DNA-sequentie van bacteriesoorten in bestaande databanken.1

Meerwaarde en toepassingen

Een belangrijke toepassing van 16S-PCR is de determinatie van bacteriestammen, wanneer dat met conventionele methoden, zoals de klassieke biochemische tests of de nu veelgebruikte massaspectrometrie, niet mogelijk is. Daarnaast kan 16S-PCR gebruikt worden voor de detectie van bacteriën in klinische materialen, wanneer met andere detectiemethoden geen ...

3 gratis NTvG-artikelen lezen? Maak een online account aan!

Registreer: 3 gratis artikelen

Al een NTvG-account? Log in

Alle artikelen direct lezen?

Abonneer:  €21,00 per maand

  • wekelijks het tijdschrift in de bus
  • online toegang tot nieuws en alle artikelen
  • toegang tot alle geaccrediteerde nascholing